Второй Удар наступил, как и предсказали майя - 21 декабря 2012 года. Большая часть человечества погибла. Лишь немногим избранным удалось попасть в последний оплот угасающей цивилизации - Токио-3, расположенный в виртуальной реальности. Прочие обречены на вымирание среди руин разрушенного мира. Но и среди них находятся те, кто пытается приспособиться к условиям ядерной зимы и вернуть остальных к реальной жизни. Они устраивают налёты на Токио-3, пытаясь его разрушить, и называют себя Ангелами. Остановить их, что характерно, могут лишь избранные подростки, и среди них - Икари Синдзи, сын разработчика виртуальной вселенной Икари Гендо, пропавшего несколько лет назад.